综合实践活动作为一门课程，不同于一般的学生课外活动。《指导纲要》对课程目标做出明确规定，强调综合实践活动的设计与实施必须围绕课程目标进行，注重引导学生在活动中体认、践行社会主义核心价值观，热爱中国共产党，热爱祖国，热爱劳动，培养学生的社会责任感、创新精神和实践能力，增强活动育人效果。考虑到综合实践活动课程的跨学段性质，为便于操作，在提出总目标的基础上，具体分为价值体认、责任担当、问题解决、创意物化四个方面，突出综合实践活动中的价值体认与践行，并分小学、初中、高中三个学段，分别提出学段目标。此外，综合实践活动课程不仅有明确的课程目标，还要求对活动内容进行选择和组织，对活动方式进行认真设计，对活动过程和结果进行科学评价等，具备作为一门课程的基本要素。
学校如何通过综合实践活动过程来强化育人效果、实现育人目标呢？
增强活动育人效果，对活动过程的设计、组织、跟踪指导是关键。为加强对综合实践活动过程的具体指导，《指导纲要》，提炼出考察探究、社会服务、设计制作、职业体验等主要方式，将课程方案指定的综合实践活动内容（社区服务、社会实践、信息技术教育、劳动技术教育等）从活动方式角度进行了分类，规定了党团活动要求，对各类活动方式的内涵和要素作了梳理和必要规范，为各类主题活动的设计和实施提供了基本的理论框架。如社会服务主题内容可以各不相同（公益劳动、环保志愿者等等），但都必须让学生经历发现服务对象及其需要、制订服务活动计划、开展服务行动、反思服务经历、分享活动经验等关键环节，才能收到应有的育人效果。
在活动过程中，教师不能用“上课”的方式去“教”学生，而要成为学生综合实践活动组织者、参与者、促进者。《指导纲要》还对活动准备、实施、总结三个阶段，教师如何加强指导给出了具体建议。
《指导纲要》附件分类型、分学段推荐了152个活动主题，并对活动目标、内容、方式等做了简要说明。一是落实中央有关部门专题教育要求。当前党中央和社会各界十分关注的中华优秀传统文化教育、革命传统教育、国家安全教育、法治教育、环境教育、知识产权保护等，都有充分的体现。二是使综合实践活动课程更好地落地。调查中发现，不少学校感到活动类课程设计难度较大，不知道做什么、怎么做。为此，提供基本活动示例，加强对实施过程的具体指导，让不会做的学着做，让会做的做得更好，使该课程可操作、能落地。